Tout commence lorsque Alira T’sioni, la sœur jumelle de Liara, dérobe les manuscrits sacrés des Matriarches sur Thessia après avoir réussi à déchiffrer une clef de codage très habilement dissimulée dans les douze rouleaux.

Ce codage avait échappé à tous les érudits Asari depuis plusieurs siècles, mais une anomalie génétique d’Alira lui permet de saisir des nuances qui n’étaient pas accessibles à son espèce auparavant.

Dans ces manuscrits se cache en effet l’emplacement d’un monde à l’écart dans la Galaxie, un monde découvert par les Douze Matriarches perdues.

Elle dérobe les manuscrits et s’arrange pour mettre sur pied une expédition exoarchéologique qui fait appel aux plus éminents spécialistes de l’époque.

Les événements qui suivent se déroulent 30 ans avant le début de la saison, et Edward est encore un exoarchéologue très réputé. Il est bien entendu de l’aventure, tout comme un certain Clayton et un homme qui deviendra plus tard celui que l’on connaît sous le surnom de L’Homme Trouble.

L’expédition découvre donc une très ancienne tombe Prothéenne, abandonnée depuis près de dix mille ans, contenant un corps momifié et des milliers de documents. L’exploration tourne cependant très mal et un accident se produit, impliquant des forces cosmiques (qui feront l’objet des saisons 2 et 3). L’équipe d’une centaine de personnes est décimée, et il ne reste que quatre survivants, tous traumatisés physiquement et mentalement.

L’Homme Trouble sombre dans la folie.

Alira et Clayton restent à ses côtés pour permettre à Edward, grièvement blessé, mais plus lucide que les autres, d’emporter un terrible secret avec lui, loin de son ancien compagnon. Hélas, il perdra la mémoire peu après, et son destin changera à jamais son corps pour le transformer en Ed, l’Intelligence Accidentelle, après qu’il ait croisé le chemin de Thane Kryos, engagé par Cerberus au départ pour le supprimer.

L’Homme Trouble, rongé par une maladie étrange et en proie à une grave détérioration de sa santé mentale, fonde Cerberus, la mystérieuse organisation criminelle.

Clayton et Alira deviennent ses associés et ses piliers. Mais il est obsédé par la technologie Prothéenne et par ses secrets, et il cherche par tous les moyens à retrouver Edward, qu’il pense être un traître voulant à tout prix lui confisquer ce qui lui revient de droit.

L’Homme Trouble s’engage dans deux projets déments : manipuler la structure génétique des espèces connues pour faire émerger des pouvoirs psys, et ouvrir un Grand Portail dimensionnel qui permettrait le retour des Prothéens, ou du moins de ce qu’ils sont devenus, des entités malveillantes et égoïstes.

Clayton et Alira décident qu’il est temps de mettre certaines choses à l’abri de sa rapacité, sous la forme de trois tatouages codés, qui sont inscrits sur la peau de trois femmes. Une Asari, Alira, une Turienne, et une Humaine, qui n’est autre que Faye Valentine.

Alira s’enfuit, et l’on sait que Clayton permet à Faye de faire de même, avant de détruire les données compromettantes qui auraient permis à Cerberus de retrouver les coordonnées de la tombe extraterrestre.

Alira trouve refuge auprès de la seule organisation capable de rivaliser avec Cerberus, les Dragons Rouges. Elle joue rapidement de ses charmes pour approcher le Patriarche Li Feng, et devient son amante et son éminence grise afin de se garantir une protection totale contre L’Homme Trouble, ce d’autant plus qu’elle a emporté avec elle une Clef permettant d’ouvrir le coffre où il cache un treizième manuscrit asari, retrouvé dans la tombe prométhéenne.

Et pendant de nombreuses années, le statu quo perdure.

Récemment, une jeune dealeuse des Dragons Rouges, pour racheter son amante asari retenue contre son gré par un maffieux, quitte l’Organisation en volant un stock de drogue Red Eye, ainsi que la Clef.

C’est cet événement qui va mettre le feu aux poudres, et faire se télescoper à nouveau les cinq personnages des joueurs avec leur passé et les machinations de Cerberus, après les avoir confrontés à une guerre de pouvoir au sein des Dragons Rouges.